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[分子生物学] DNA提取

本主题由 nano 于 08-8-12 19:47 关闭 

DNA提取

DNA提取

主要内容:3 ]1 P" z8 b, C/ `
声明:
+ r0 n! H, n. ]3 d1 X. L1、 本篇涉及的资源主要源于网络及相关书籍,由酷友搜集、分析、整理、审改,供大家学习参考用,如有转载、传播请注明源于基因酷及本书的工作人员;若本书侵犯了您的版权或有任何不妥,请Email genecool@126.com告知。
+ |& e6 u1 d8 n' l( D2 D' {4 w3 P( G2、 由于我们的学识、经验有限,本书难免会存在一些错误及缺陷,敬请不吝赐教:请到基因酷论坛(www.genecool.com/bbs)本篇对应的专题跟贴指出或Email genecool@126.com* [. P3 @0 P% h! x
致谢:
; h; q/ G) w) m: o整理者:WANZHAN   审改者:小宝、纤夫、caterpillar、kaige88" ?+ m2 ?  u( U! F( E) [
主要参考资料:《分子克隆实验指南》
0 D  y$ z+ s; M1 W
4 i2 m: a% G8 |3 u, S: G, N$ A8 Z[ 本帖最后由 nano 于 08-9-13 21:17 编辑 ]
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基因组DNA提取方法

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外周血DNA提取技术

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真核细胞DNA的制备

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植物组织中DNA的提取

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细菌DNA的提取方法

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* s# I2 E. {& |: a: [: A$ M8 T( c, s
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石蜡包埋DNA提取试验方法

石蜡包埋DNA提取试验方法

  ^3 }# k" h7 e2 M$ I  M
试验原理:& Y  {4 O7 d! q' i  a' s: I
  从石蜡包埋组织中提取DNA的基本步骤,是在常规DNA提取方法的基础上改良和演变而业。Goelz等(1985)最先提出的石蜡包埋组织DNA提取技术,是用机械的方法破碎组织,切除多余的石蜡,进入含SDS和高浓度蛋白酶K(1mg/ml)的提取缓冲液加温孵育,然后进行苯酚和氯仿抽提。 所得DNA虽不完整,但可被限制性内切酶切割,因而适于点杂交,印迹杂交等多种分了生物学实验。Dubeau等(1986)在上述方法上作了改进。 首先通过组织切片和二甲苯和脱蜡,保证了组织的完全破碎,使细胞与消化液充分接触,使DNA释放和蛋白去除更加完全;其次通过两步消化的方法,将不适于做分子杂交的降解的DNA小段去除,仅保留那些可螺旋化的完整的DNA分子,从而提DNA质量,适于做Sorthern印迹杂交分析。
4 V1 Y" V' z* M, C" L9 @+ X8 a+ N试验试剂:
' ]) }# I# q  q/ `) U20×SSC 配方:3mol/l Nacl ,0.3 M 柠檬酸三钠·2H2O ,用HCL调PH值至7。0 * d+ l( E+ U5 W: s& }. ~' t/ @2 u
石蜡消化液:150nmol/l NacL:15mmol/l柠檬酸钠,1%SDS,PH 7.0。
% \) R) p# A1 h, W4 N2 [( ~- O试验步骤:% o; ?2 i' H7 o3 v! @
1、 取蜡块切片15-20张(8μm),置于eppendorf管中,加入1ml的二甲苯,37℃作用3h,以10000rpm,离心3min,倾去二甲苯。重复3-4次,观察管壁是否光滑。如果仍有蜡质残存,需继续脱蜡。7 O8 q; w( Q! G0 ^2 N
2、 剃度酒精水化:加入100%乙醇1ml,室温下放置30min,以10000rpm离心3min,去上清;再依次分别加入95%;75%;50%的乙醇重复上面的步骤。 5 u) G8 {5 i, H! R
3、 消化:以1×SSC 500μL加入SSC 洗涤沉淀,以12000rpm离心3min。弃去上清夜,干燥沉淀。加入石蜡消化液 400μL,PK(20mg/ml) 20μl;55℃消化120h,第四天,补加PK 10μl。
' ~9 ?2 \5 N1 C! {0 s% ?+ _  F4、 ?消化后的液体很清亮,肉眼可见的组织较少。将其转入98℃的水浴箱中,煮沸10min,以灭活PK,取出后置于冰上,使其迅速冷却。以10000rpm,离心5min。
6 F# y6 ^( n( O( O2 Z5、 取上清加等量的酚-氯仿,轻颠倒混匀呈乳白色。低温下以14000rpm,离心10min。小心取上清,再加入等量的酚-氯仿重复上面的步骤。
! T' l( P7 B0 J6、 ?取上清加入预冷的两倍体积的无水乙醇及1/10的乙酸钠(PH 5.2),颠倒混匀。置于-20℃,30min。低温下以14000rpm,离心10min,去上清。
' [9 I4 p% u4 b8 v* |7、 沉淀用1ml 的70%乙醇洗涤2次,(颠倒eppendorf管数次)以14000rpm,离心5min,,自然干燥沉淀。 : u) ~1 Z  _8 W. ?/ R6 N# {# F
8、 加TE  20μl,(含RNA酶),4℃下过夜。 5 _/ |- D9 C, l0 w1 M0 M
注意事项:
4 S5 `* m" n/ `  }* p3 K% w1、 取材时应避免出血坏死的组织,尽可能选用新鲜的标本。
; R% z: o+ a$ ]5 a5 z3 ]# m2、 消化时应不时震摇离心管,使酶与组织充分接触。: w& q6 c5 @2 O$ K
3、 福尔马林固定和石蜡包埋使组织变得坚韧,匀浆的效果往往不理想,可将组织切成10um的薄片进行消化。
  r$ O0 b7 V  R6 q4 L7 N4、 消化不完全,可采用高浓度蛋白酶K及延长消化时间。* v# j6 P0 q# _1 w2 l. l
附:elz氏DNA提取方法的主要步骤:0 z, Z9 G9 v! ^7 {8 N0 ]' N+ }% ~
  TE9提取液的制备:500mmol/L Tris 20mmol/L EDTA  10mmol/L NaCl  1% SDS$ c4 N% D- z0 w" ]2 f) k% ]
500 μg/ml 蛋白酶K  pH8.0$ T7 p9 b. [) r7 Z8 N
1、 切除多余石错,暴露组织。将组织切碎(最大径<0.5mm),称重。
1 X1 m, ^$ e' n$ B2、 溶于TE9提取液(组织<50mg/5ml.50-500mg/10ml),高速混悬2-3min,于48℃放置24h。- {: A# ?6 H! I' I4 h& M
3、 再次混悬组织,加入蛋白酶K至终浓度1mg/ml,SDS至2%,孵育40h。
* ~. _# J$ g- Y5 |3 S8 e. i3 Z4、 用等体积酚-氯仿溶液抽提3次。2.5倍体积乙醇沉淀DNA。-70℃放置2-4h。9 000rpm离心1h。; v& M$ _( ]2 o) `7 X
5、 沉淀物用70%乙醇洗1次,干燥,TE(pH7.2)溶解。
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DNA提取其他方法

DNA提取其他方法


* i4 q' [* x# a1 Z% T. B. [适用于PCR研究的快速提取法:2 A7 ?# ]5 c1 p, ]
试验步骤:  ~" q% D! q, `0 T) n
1、 田间剪取植株新鲜叶片5-10mg(约2cm长)左右,新鲜叶片放于15ml离心管中,存于冰盒中,根据样品号贴上相应的标签。$ r0 Z" I0 \6 V# d% o+ H* A
2、 用剪刀将叶片组织剪细(约0.5cm长)放在点穴式研板中。加入400μl DNA提取缓冲液,用玻棒将叶组织研细,直到液体变成深绿色即可。" v0 O3 H+ l' I5 v! L+ ^
3、 加400μl DNA提取缓冲液,混合均匀,转入一新的15ml离心管(贴上相应的编号)。& w6 X5 [0 o9 \  G1 }% C" R5 Z
4、 加400μl氯仿,混合均匀后,2400转离心30s,将上清液转入一支新的15ml离心管(贴上相应的编号)。/ Q. V: {: R) n: A; T& Y
5、 加800μl无水乙醇,混匀,2400转离心3min。弃上清。70%乙醇冲洗,风干。用50μl TE缓冲液溶解,存于-20℃。取1μl用于PCR分析。
% m4 l1 E& ~; {! Y; _( t( H' L  x1 B; c, \! b' f- X# ^# d
Chelex-100法提取DNA:
1 R  w; u/ d- x2 _试验原理:, N+ r5 }( q+ N1 r& U- {! B
  Chelex-100是一种化学螯合树脂,由苯乙烯、二乙烯共聚体组成。含有成对的亚氨基二乙酸盐离子,对高价金属离子有很高的亲合力和螯合作用。在低离子强度、碱性及煮沸条件下,可以使细胞膜破裂,并使蛋白质变性,DNA游离。Chelex-100特别适用于微量生物样本的处理,方法简便快速,提取过程始终在同一管中进行,不用转移,可减少DNA的损失,操作步骤简化,减少了污染的机会。
( y9 h1 t8 d$ n以血液为例实验步骤:4 ^0 `2 H% m9 e% B
1、 取血液1-3?l,置1.5ml离心管中,加灭菌双蒸水1ml,振荡混匀,室温30min,或置冰箱-20℃ 5min。
7 U7 f4 n$ Q) d; z0 C3 ]3 ^( T2、 10000r/min离心5min,弃上清,反复2-3次。
5 b+ m; k3 |: a$ ~; Z' n4 x3、 于沉淀中加入200?l悬浮好的5%的Chelex-100溶液,56℃水浴2h或37℃水浴过夜。; J9 ?/ C* S1 H  P
4、 振荡5-10秒,置100℃ 5-10min,取出振荡溶液5-10s。
2 X5 ?: o. n) H2 r0 T5、 10000r/min 5min,上清液即可作为PCR反应的DNA模板。3 t) h. u+ o; ^9 O6 x
注意事项:% a+ t7 S/ g  k- Y: |% e
1、 Chelex-100处理模板仅适用于PCR反应,处理液不宜长期保存,如果保存的时间稍长,可将上清液转移至另一管中保存备用。一般在一周内使用,如果保存时间过长则会影响PCR扩增结果。
: m7 @# h& ^7 O; _& Z2、 在处理模板的各个步骤中,振荡要充分。5 v. d$ a" Q. R$ u2 l# ~0 |* }6 Q5 L9 g
3、 煮沸的温度、时间要充分,否则将影响扩增。
  z& [- D6 v* e% @$ `% {4 {  I9 Y4、 使用前要混匀离心,取上清液作为模板,如果PCR反应体系中含有Chelex-100,Mg2+会被螯合,降低酶活性,使PCR扩增失败。
8 Q) t5 O! {4 K0 O* _
- E4 b% U6 ^0 l+ y4 d; q" O/ \% _& s) n硅珠法提取DNA:; [) @1 Z& r- @; u% V
试验原理:
4 J  M$ R* W: I! F
  在高浓度的硫氰酸胍存在的条件下,DNA能够被二氧化硅特异性吸附,当没有硫氰酸胍存在时,DNA又可从二氧化硅中释放出来。硫氰酸胍是一种高性能的蛋白变性剂,可以使蛋白质与DNA充分分离,在硅珠吸附前高速离心可以将变性的蛋白质及一些不溶的物质除去。吸附后的漂洗过程则可将溶液中的PCR抑制物洗去。1 A- K; [) a: d2 H1 J( ^
试验试剂:
( f5 J, [/ M+ ~( R
1、 吸附剂:12g GuSCN溶于10ml 0.1mol/L Tris-HCl(pH6.4),0.8ml 0.5mol/L EDTA,0.5ml TritonX-100。
& I/ C: X% b) ]3 i* K; w2、 漂洗剂:12g GuSCN溶于10ml 0.1mol/LTris-HCl(pH6.4)。
) l- x  g/ O# D7 c  S# F3、 硅珠悬浮液:0.06g Silica溶于1ml灭菌超纯水。- D0 F1 p% _/ v+ s8 J
4、 TES:1ml1mol/L Tris-HCl pH8.0,2ml 5mol/L NaCl,2ml 0.5mol/L pH8.0 EDTA,95ml灭菌超纯水。2 e/ ?" e: Q5 v
试验步骤:
0 m' p$ ^8 [4 d& x$ `5 W1 L1、 取1.5ml离心管1支,加入TES200ul,10%SDS40?l再加入血液2-4?l,混匀,煮沸5min。
6 L# F& h2 j- f& ?( Q: p. c2、 振荡混匀,加入300-600?l吸附液,混匀。
+ T% B$ a* z. W  z8 Y8 b$ _$ ^# u3、 加入20-40?l硅珠悬浮液,振荡混匀,置室温15min,振荡5s,10000r/min离心2min。
7 p' {" W: c8 z5 X+ B9 R' V4、 除去上清,于沉淀中加入200-400?l漂洗液,充分悬浮沉淀物,10000r/min离心1min。, v& d+ \& b+ o, E- c* K
5、 去上清液,重复漂洗一次,去上清后沉淀物用70%乙醇漂洗1-2次。10000r/min 5min。1 a2 J0 Y4 Q5 n$ p; c( c$ Y0 K
6、 去乙醇,置56℃ 10min,于沉淀中加入50-100?lTES,旋涡混合30s,56℃保温10min。
5 M- J9 }) I) r- E1 U* S; G7、 10000r/min离心10min,上清液可直接用于PCR反应。
  k& [/ o  R7 P2 x, U7 S1 O" P8 {
固相吸附法提取DNA:
: j7 J4 q) O2 q- Y0 g2 y试验原理:8 ^8 L5 g# J- L* _  d$ A
  硫氰酸胍具有溶解细胞和灭活核酸酶的性质,利用当硫氰酸胍存在时硅藻颗粒能特异性吸附DNA,而当去除硫氰酸胍时,DNA又能从硅藻上释放出来的特性,来提取样本中的DNA。该方法尤其适用于临床标本的DNA提取。. s/ q2 a7 U  ]+ |
试验试剂:$ Z# T6 b% N/ h5 H; k, N8 c. o1 i6 c2 \
1、 裂解液:12g GuSCN,10ml 0.1mol/L Tris-HCl pH6.4,2.2ml 0.2mmol/L EDTA pH8.0,0.3ml TritonX-100。9 p3 ]1 w4 P  t. f: G4 S) T
2、 洗涤液:12g GuSCN,10ml 0.1mol/L Tris-HCl pH6.4。2 F# \( ?7 F7 `
试验步骤:
0 f5 U9 F$ w. L, h# h' @, m/ h1、 取100?l样品加900ul裂解液,20?l硅藻液,振荡混合,10000r/min离心1min,去上清。
- {0 |6 [' U9 y# w2、 加1ml洗涤液,悬浮沉淀洗涤,10000r/min离心1min,再重复一次。加1ml 70%乙醇洗一次,1ml丙酮洗一次,去上清,56℃ 10min。8 H# b0 b; a' v. l+ Q+ F* d1 c
3、 加60?l TE缓冲液混匀,56℃ 10min,10000r/min离心5min,上清液备用。
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DNA含量的检测和纯化

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DNA提取的注意事项

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% K( }' W. O2 I: P
% p7 K6 Y: o- |: ]. W
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求谷氨酸棒杆菌菌种或染色体DNA huainianshili 2009-05-07
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