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[分子生物学] DNA提取

本主题由 nano 于 08-8-12 19:47 关闭 
武林三国

DNA提取

DNA提取

主要内容:
8 \( H1 b5 z, Y7 Q9 m/ z声明:
+ k- @( V1 y( b* R5 X) Y' d. D1、 本篇涉及的资源主要源于网络及相关书籍,由酷友搜集、分析、整理、审改,供大家学习参考用,如有转载、传播请注明源于基因酷及本书的工作人员;若本书侵犯了您的版权或有任何不妥,请Email genecool@126.com告知。: [+ A! h# T* ]8 ?. Q, V
2、 由于我们的学识、经验有限,本书难免会存在一些错误及缺陷,敬请不吝赐教:请到基因酷论坛(www.genecool.com/bbs)本篇对应的专题跟贴指出或Email genecool@126.com& l4 x+ V% Z9 _; \
致谢:" O: L( f/ Y) _0 Z
整理者:WANZHAN   审改者:小宝、纤夫、caterpillar、kaige88. N- {, ^) m8 w" i$ c- A& Y6 h
主要参考资料:《分子克隆实验指南》) k8 d0 d9 c9 y; ?  H2 q/ A. L# d

& l% m$ o- a: {6 E4 Q. E[ 本帖最后由 nano 于 08-9-13 21:17 编辑 ]
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基因组DNA提取方法

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3 u  n! [* k9 S1 ~6 N/ `5 p4 j) J4 e8 s' w
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武林三国

外周血DNA提取技术

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+ y% d" [, A9 i6 C( Z
* A/ s% r( ^' D, J! Q- e6 t/ n
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真核细胞DNA的制备

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植物组织中DNA的提取

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细菌DNA的提取方法

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! j" \( K% }% T( ]2 J

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武林三国

石蜡包埋DNA提取试验方法

石蜡包埋DNA提取试验方法

& _5 ~4 }2 l' o$ \
试验原理:. {9 D4 }8 J2 f0 l5 q' q
  从石蜡包埋组织中提取DNA的基本步骤,是在常规DNA提取方法的基础上改良和演变而业。Goelz等(1985)最先提出的石蜡包埋组织DNA提取技术,是用机械的方法破碎组织,切除多余的石蜡,进入含SDS和高浓度蛋白酶K(1mg/ml)的提取缓冲液加温孵育,然后进行苯酚和氯仿抽提。 所得DNA虽不完整,但可被限制性内切酶切割,因而适于点杂交,印迹杂交等多种分了生物学实验。Dubeau等(1986)在上述方法上作了改进。 首先通过组织切片和二甲苯和脱蜡,保证了组织的完全破碎,使细胞与消化液充分接触,使DNA释放和蛋白去除更加完全;其次通过两步消化的方法,将不适于做分子杂交的降解的DNA小段去除,仅保留那些可螺旋化的完整的DNA分子,从而提DNA质量,适于做Sorthern印迹杂交分析。# l. p4 B1 X* I0 y2 B
试验试剂:* b7 A  C; Q, [3 R* S
20×SSC 配方:3mol/l Nacl ,0.3 M 柠檬酸三钠·2H2O ,用HCL调PH值至7。0 6 S& e& k) o) M" y+ y; {1 d
石蜡消化液:150nmol/l NacL:15mmol/l柠檬酸钠,1%SDS,PH 7.0。
# c8 S9 p# a* G& P# R试验步骤:% {: r& H3 z/ u- D
1、 取蜡块切片15-20张(8μm),置于eppendorf管中,加入1ml的二甲苯,37℃作用3h,以10000rpm,离心3min,倾去二甲苯。重复3-4次,观察管壁是否光滑。如果仍有蜡质残存,需继续脱蜡。+ k+ s- }! s; M2 |
2、 剃度酒精水化:加入100%乙醇1ml,室温下放置30min,以10000rpm离心3min,去上清;再依次分别加入95%;75%;50%的乙醇重复上面的步骤。
, [% h  }9 F. c7 `4 L3、 消化:以1×SSC 500μL加入SSC 洗涤沉淀,以12000rpm离心3min。弃去上清夜,干燥沉淀。加入石蜡消化液 400μL,PK(20mg/ml) 20μl;55℃消化120h,第四天,补加PK 10μl。 ; D8 i3 N1 E+ X1 A; ]
4、 ?消化后的液体很清亮,肉眼可见的组织较少。将其转入98℃的水浴箱中,煮沸10min,以灭活PK,取出后置于冰上,使其迅速冷却。以10000rpm,离心5min。
) V1 u% E* o/ u7 x5、 取上清加等量的酚-氯仿,轻颠倒混匀呈乳白色。低温下以14000rpm,离心10min。小心取上清,再加入等量的酚-氯仿重复上面的步骤。
& ^: z1 e3 Q# x# S( |4 |6、 ?取上清加入预冷的两倍体积的无水乙醇及1/10的乙酸钠(PH 5.2),颠倒混匀。置于-20℃,30min。低温下以14000rpm,离心10min,去上清。
( L! B- P5 k; }7、 沉淀用1ml 的70%乙醇洗涤2次,(颠倒eppendorf管数次)以14000rpm,离心5min,,自然干燥沉淀。
! N& X7 K* u, L4 X% Q; T8、 加TE  20μl,(含RNA酶),4℃下过夜。 2 @- [1 x3 ~( b  u
注意事项:
' W2 [8 o2 e* f$ h( i+ C1、 取材时应避免出血坏死的组织,尽可能选用新鲜的标本。& a! Q  z2 X+ G
2、 消化时应不时震摇离心管,使酶与组织充分接触。
8 Y4 R; p* @9 d9 ^3、 福尔马林固定和石蜡包埋使组织变得坚韧,匀浆的效果往往不理想,可将组织切成10um的薄片进行消化。
4 \* Q% {$ O) M9 o  p4 Z! r4、 消化不完全,可采用高浓度蛋白酶K及延长消化时间。% K: `8 w& ^% L0 q* ]
附:elz氏DNA提取方法的主要步骤:
  ?$ I. V% T' g' v. M& `! {  TE9提取液的制备:500mmol/L Tris 20mmol/L EDTA  10mmol/L NaCl  1% SDS& A8 S2 Q& m# |
500 μg/ml 蛋白酶K  pH8.0
7 `4 Z8 _% Y& d, W, f% k: b0 n1、 切除多余石错,暴露组织。将组织切碎(最大径<0.5mm),称重。
. _) D, ]1 l& G  x2、 溶于TE9提取液(组织<50mg/5ml.50-500mg/10ml),高速混悬2-3min,于48℃放置24h。
1 ?8 W& G/ {. f/ L3 w/ i' s3、 再次混悬组织,加入蛋白酶K至终浓度1mg/ml,SDS至2%,孵育40h。
# {* G& j0 g7 z' R% o4、 用等体积酚-氯仿溶液抽提3次。2.5倍体积乙醇沉淀DNA。-70℃放置2-4h。9 000rpm离心1h。! A+ g, R5 N: F, E* r- x
5、 沉淀物用70%乙醇洗1次,干燥,TE(pH7.2)溶解。
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DNA提取其他方法

DNA提取其他方法

! k+ d. L' M8 e
适用于PCR研究的快速提取法:
; x7 I8 o; d, C5 g& K试验步骤:
/ K5 J! |! a- b& F, U" r& O1、 田间剪取植株新鲜叶片5-10mg(约2cm长)左右,新鲜叶片放于15ml离心管中,存于冰盒中,根据样品号贴上相应的标签。
) o( Q5 B" P, ]8 i% N6 U) {$ f2、 用剪刀将叶片组织剪细(约0.5cm长)放在点穴式研板中。加入400μl DNA提取缓冲液,用玻棒将叶组织研细,直到液体变成深绿色即可。
& ]/ B, ]! d. D. d$ [% o3、 加400μl DNA提取缓冲液,混合均匀,转入一新的15ml离心管(贴上相应的编号)。4 e; ^# P! d0 ^3 }" t, q
4、 加400μl氯仿,混合均匀后,2400转离心30s,将上清液转入一支新的15ml离心管(贴上相应的编号)。
. ?: A1 k. C, o$ V5、 加800μl无水乙醇,混匀,2400转离心3min。弃上清。70%乙醇冲洗,风干。用50μl TE缓冲液溶解,存于-20℃。取1μl用于PCR分析。( {0 ^' `' w. Y, i8 d

, e& g" B- Q4 x2 T. Z) C/ kChelex-100法提取DNA:' s" G2 R( c) ?5 F3 l5 k+ s
试验原理:
' Y3 f/ g/ t) ]) l$ k0 u# m  f
  Chelex-100是一种化学螯合树脂,由苯乙烯、二乙烯共聚体组成。含有成对的亚氨基二乙酸盐离子,对高价金属离子有很高的亲合力和螯合作用。在低离子强度、碱性及煮沸条件下,可以使细胞膜破裂,并使蛋白质变性,DNA游离。Chelex-100特别适用于微量生物样本的处理,方法简便快速,提取过程始终在同一管中进行,不用转移,可减少DNA的损失,操作步骤简化,减少了污染的机会。
: N9 d5 z- [7 D/ R; n& F以血液为例实验步骤:4 @3 f" f5 [8 O; K4 [
1、 取血液1-3?l,置1.5ml离心管中,加灭菌双蒸水1ml,振荡混匀,室温30min,或置冰箱-20℃ 5min。
! r6 m3 ^: W& C" _( ?  R6 y; N2、 10000r/min离心5min,弃上清,反复2-3次。$ @' I* U' L2 a2 j
3、 于沉淀中加入200?l悬浮好的5%的Chelex-100溶液,56℃水浴2h或37℃水浴过夜。
, A3 I* _- I0 B& P4、 振荡5-10秒,置100℃ 5-10min,取出振荡溶液5-10s。
, [& |1 G3 F; @6 v" T9 I/ n9 g5 R5、 10000r/min 5min,上清液即可作为PCR反应的DNA模板。
! p- G( }# X9 E注意事项:
1 M: x% A- X5 C4 j1、 Chelex-100处理模板仅适用于PCR反应,处理液不宜长期保存,如果保存的时间稍长,可将上清液转移至另一管中保存备用。一般在一周内使用,如果保存时间过长则会影响PCR扩增结果。; R& {  w, b: p; {
2、 在处理模板的各个步骤中,振荡要充分。! \1 t$ [( k+ \
3、 煮沸的温度、时间要充分,否则将影响扩增。1 S/ b5 j! B+ w: Q& E- ]
4、 使用前要混匀离心,取上清液作为模板,如果PCR反应体系中含有Chelex-100,Mg2+会被螯合,降低酶活性,使PCR扩增失败。6 r6 O% l8 f& H- P+ a) b

4 A3 ?: k) b7 r9 O硅珠法提取DNA:1 {  G4 C* ^, n1 Z; ?- Q) w8 H# L
试验原理:

$ R' ?7 B2 N: t/ d* y. J, J! s, d  在高浓度的硫氰酸胍存在的条件下,DNA能够被二氧化硅特异性吸附,当没有硫氰酸胍存在时,DNA又可从二氧化硅中释放出来。硫氰酸胍是一种高性能的蛋白变性剂,可以使蛋白质与DNA充分分离,在硅珠吸附前高速离心可以将变性的蛋白质及一些不溶的物质除去。吸附后的漂洗过程则可将溶液中的PCR抑制物洗去。
% F' X" Z0 L* I9 ^' Y' D试验试剂:
/ \; I8 U. D& {, ^( I
1、 吸附剂:12g GuSCN溶于10ml 0.1mol/L Tris-HCl(pH6.4),0.8ml 0.5mol/L EDTA,0.5ml TritonX-100。
, [  A! E5 n5 m5 F  K  ?1 H0 m2、 漂洗剂:12g GuSCN溶于10ml 0.1mol/LTris-HCl(pH6.4)。7 P/ \, ^+ U: A
3、 硅珠悬浮液:0.06g Silica溶于1ml灭菌超纯水。
  q7 \, `& E* k( d. q9 D4、 TES:1ml1mol/L Tris-HCl pH8.0,2ml 5mol/L NaCl,2ml 0.5mol/L pH8.0 EDTA,95ml灭菌超纯水。
2 s+ A' f! y. i/ [/ s) M3 \8 B试验步骤:
# t$ X- f  ~( f1 }9 g1、 取1.5ml离心管1支,加入TES200ul,10%SDS40?l再加入血液2-4?l,混匀,煮沸5min。5 q* r$ b' P& o7 x8 `0 _
2、 振荡混匀,加入300-600?l吸附液,混匀。1 ^1 A6 R6 x! u1 R8 C, O& t
3、 加入20-40?l硅珠悬浮液,振荡混匀,置室温15min,振荡5s,10000r/min离心2min。0 |0 ^% b$ f0 p7 {( {- `
4、 除去上清,于沉淀中加入200-400?l漂洗液,充分悬浮沉淀物,10000r/min离心1min。$ {" N+ s  n; r3 E* q5 g5 F
5、 去上清液,重复漂洗一次,去上清后沉淀物用70%乙醇漂洗1-2次。10000r/min 5min。- w6 S7 I  V1 g/ x- ^$ ?6 E
6、 去乙醇,置56℃ 10min,于沉淀中加入50-100?lTES,旋涡混合30s,56℃保温10min。
7 T: f5 k: b) [1 Z$ e" ?$ z2 T7、 10000r/min离心10min,上清液可直接用于PCR反应。0 d  d( o1 |; ^$ m, g
7 ?4 m) ]! o' s* I; r! ]# F% f5 t
固相吸附法提取DNA:
4 S+ d" K4 n. k: p试验原理:
' ~# b7 `1 k6 D$ ?' c" H  硫氰酸胍具有溶解细胞和灭活核酸酶的性质,利用当硫氰酸胍存在时硅藻颗粒能特异性吸附DNA,而当去除硫氰酸胍时,DNA又能从硅藻上释放出来的特性,来提取样本中的DNA。该方法尤其适用于临床标本的DNA提取。3 a, ^% q% r! D9 c! P# u
试验试剂:" C: E' U+ Q  M% |% V! g
1、 裂解液:12g GuSCN,10ml 0.1mol/L Tris-HCl pH6.4,2.2ml 0.2mmol/L EDTA pH8.0,0.3ml TritonX-100。
1 G* S* J: @; I) e4 p# ]0 N2、 洗涤液:12g GuSCN,10ml 0.1mol/L Tris-HCl pH6.4。& i, A: r4 x6 b- K
试验步骤:
1 K( M' W6 h; v1、 取100?l样品加900ul裂解液,20?l硅藻液,振荡混合,10000r/min离心1min,去上清。
$ [& F5 {$ ~; D2、 加1ml洗涤液,悬浮沉淀洗涤,10000r/min离心1min,再重复一次。加1ml 70%乙醇洗一次,1ml丙酮洗一次,去上清,56℃ 10min。
6 f* N6 d! x# T1 F# j3、 加60?l TE缓冲液混匀,56℃ 10min,10000r/min离心5min,上清液备用。
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武林三国

DNA含量的检测和纯化

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DNA提取的注意事项

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- c$ I  e$ |# C6 |" i* y$ B4 C
% y4 {7 ]' n1 e+ Q* N6 z! h
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