最后的融合蛋白有可能成为包涵体，那么融合蛋白附带的6×his标签(不好去除)会影响结果吗，会对最后抗体制备有影响吗

楼主，请问您做原核表达用的是pET系统的载体吗，有个小问题想请教您：
我要构建融合蛋白做原核表达，手头正好有pET22b和pET28a，因为我要扩增的片段上没有起始密码子和终止密码子，所以想请问这两种质粒有起始密码子和终止密码子吗，我是否要自己加一个起始密码子呢，这样我怕我翻译出来的蛋白会多一个甲硫氨酸。我看pET28a的图谱上有NcoI（CCATGG）和Nde I(CATATG)酶切位点里正好有ATG，我是否能用这个作为起始密码子呢，那这样我的酶切位点是不是也要选这两个酶切位点呢？  

没什么影响，多抗本来就是一个杂体系，你得到的抗体只是其中的很小一部分
单抗就更没什么问题了，反正你做筛选的
2楼的，不管你怎么做，都必须要有起始密码子和终止密码子，只要不移码，酶切位点里的可以用，终止密码子自己在引物上加