求助：如何利用ITS序列（序列已测出） 分析遗传多样性，如用RAPD数据可计算Shannon指数和Nei指数等来分析遗传多样性，多样性指数等，用ITS序列该如何计算，或者还有其他方法
     另：如何计算序列多样性指数，尤其是聚类后，两类群之间的序列多样性指数和遗传距离

      望前辈不吝赐教！

楼主能提供一个下载paup的地址吗 谢谢了

查询的序列通过clustal比对后，将生产的.aln文件用mega 2 进行进化树分析的时候，显示Aligned sequences must of equal lengths。用mega进行进化树分析是需要序列长度一致吗？？那位好心人可把mega的使用所需要的序列的条件降解一哈。。。多谢多谢

请问为什么有经过clustalw比对后相似度高的序列在用mega构建的进化树中亲缘关系反而远呢？还有就是且分支的可行度（分支上的数值，不知道我理解是否正确）还很小（低于30）。

遇到这种情况的话，如何选取序列进行分析好？难道是相似度一组数据？进化树又一组书籍？这样就牵涉到如何选取合适的序列来进行分析？个人认为如实单就某个基因或片段来分析群体间或群体内的差异倒是比较好选取序列，但是若是做的是以个物种的某个基因的话，在做分析的时候应该怎么样去选择序列来进行分析呢？我现在就卡在这里，以大堆序列不知道如何选取为好。不过我是这么想的，不知道对不对啊！大家姑妄听之
1、大的方向分析，比较这个基因在大的类群中的进化（比如哺乳类 爬行类 鸟类 鱼类）
2、稍小一点，该基因在该类群中的进化
3、该基因与其相似的基因或家族内基因的比较，我是我最不能把握的地方，如何来选取研究序列
基于我对选取研究的序列的三种可能不正确的认识弄的我是不知道怎么样去分析和选取好，希望大家能给与指正与点拨（我是没有时间也静不下来看书了，常识性的错误可能在所不免）


另外，请问聚类树和进化树有什么区别？

引用:

原帖由 cherish_hust 于 08-7-24 10:36 发表
查询的序列通过clustal比对后，将生产的.aln文件用mega 2 进行进化树分析的时候，显示Aligned sequences must of equal lengths。用mega进行进化树分析是需要序列长度一致吗？？那位好心人可把mega的使用所需要的序列的条件 ...

原理不是很懂，不过我不是用mega 2好像比对好的aln文件里面一般都是等长的呀!序列间长短不一或中间因比对有空位的话都会自动用-不起的。我现在用的是mega4.0，你到百度里输入mega 4.0 和 生物软件就可以找到了，另外这有个链接http://www.bbioo.com/Soft/2007/459.htm

好久没来了，网站改版了，不错啊！还有人回答了我的问题呢！谢谢了！

请问使用mega软件的statistic程序怎样分析序列的变异情况，如ATCG碱基含量、变异位点、简约信息位点等，还有就是简约信息位点是什么意思？ 谢谢了

请问：
paup4在所有版本的苹果机上都能运行吗？？
为什么我们实验室刚买的apple台式机上运行不了？？？？？

正在作这方面的实验，谢谢