1. mega的主页及下载： http://www.megasoftware.net/
2. FTP上mega的位置： （Genecool的FTP登录方法：http://www.genecool.com/bbs/thread-9202-1-1.html）

3. MEGA的使用说明：
PDF： 如何用MEGA3.1构建进化树
这里也有：常用发育树相关软件中文说明书  http://www.genecool.com/bbs/thread-11694-1-1.html
4.  to haoran930 ：系统进化树中那些树枝上的数字，例如99，57，86等各种数字表示什么呢？遗传距离呢还是相似性呢？还是别的？希望赐教，谢谢！
树枝上的数字表示bootstrap验证中该树枝可信度的百分比
5.PAUP的使用手册（giantboyli翻译）：

5. 大家还有问题请在此跟贴，我会尽量解答~

[ 本帖最后由 downsea 于 08-4-19 08:59 编辑 ]

请问如何用phylip算生态性状数据的遗传距离？多谢了

请问：知道一株菌的16S rDNA 序列，通过blast可以得到很多其他相似的序列，在建树时，应该选择哪些呢？如何把这些菌的序列快速导入mega呢？多谢楼主！

树枝上的数字表示bootstrap验证中该树枝可信度的百分比?
能否详细解释一下“可信度的百分比”，谢谢！！！

多谢!

引用:

原帖由 yty2002 于 08-3-20 12:33 发表
树枝上的数字表示bootstrap验证中该树枝可信度的百分比?
能否详细解释一下“可信度的百分比”，谢谢！！！

简单的讲就是把序列的位点都重排，重排后的序列再用相同的办法构树，如果原来树的分枝在重排后构的树中也出现了，就给这个分枝打上一分，如果没出现就给0分.

用于估计分支图中的每一分支的可靠性程度。结果的百分数越大，这一分支越可靠。Bootstrapanalysis是一种统计学方法，计算的基本方法是：从待分析的数据中随机重新取样，代替原有的数据，从而重建一系列与原数据同样大小的‘鞋带’式取样数据，一般重复500或1000次。因此，Bootstrap analysis得到的树图并不反映真正的系统关系。

                 > 50% 可以讨论这个分支，但不是非常的确定，
> 70% 是稳定的分支。

引用:

原帖由 wslmhgl 于 08-3-20 11:13 发表
请问：知道一株菌的16S rDNA 序列，通过blast可以得到很多其他相似的序列，在建树时，应该选择哪些呢？如何把这些菌的序列快速导入mega呢？多谢楼主！ ...

请问：知道一株菌的16S rDNA 序列，通过blast可以得到很多其他相似的序列，在建树时，应该选择哪些呢？
re: 看你是想做什么了,可以每个物种选一个,或者每株选个
如何把这些菌的序列快速导入mega呢？多谢楼主！
re: 存成fasta格式

哪为好心人,我马上就要交论文了,可是还不会构建系统发育树,有谁能详细说说如何构建,本人一点也不懂,导师也不会!
知道一株菌的16S rDNA 序列，通过blast可以得到很多其他相似的序列，在建树时，应该选择哪些呢？通过比对相似度高的都是枯草芽孢杆菌.如何存成fasta格式

我的序列是以记事本的文件保存的,怎样转换

引用:

原帖由 zhangye7165 于 08-3-30 18:45 发表
我的序列是以记事本的文件保存的,怎样转换

一般都用fasta格式保存
fasta格式如下 (把下面3行复制到记事本中然后保存为aa.fasta就可以了):
>name #第一行以>开头后面是名字或者注释,后面的其余行都是序列不能有空格简析
AAATGCCGGTTTT
AATTTGGGCCCGG